Puskesmas Pelalawan pada awalnya merupakan Puskesmas Pembantu (PUSTU) yang berada di Desa Pelalawan dengan Puskesmas induknya adalah Puskesmas Bunut, yang kemudian ditingkatkan statusnya menjadi Puskesmas. Pada tanggal 23 Agustus 2003, Puskesmas Pelalawan diresmikan secara simbolis di Puskesmas Sekijang oleh Bupati Pelalawan, H.T Azmun Jafar, SH, dengan Kepala Puskesmas pertama yaitu Ibu dr. Mulziah Effendi.

Selama berdirinya Puskesmas Pelalawan, telah dipimpin sebanyak 6 Kepala Puskesmas, yakni:

1. dr. Mulziah Effendi

2. dr. Era Ibrahim

3. Firdaus Santa Putra, SKM

4. Asmawati, SKM

5. Nurmaini, SKM, M.Kes

6. Wica Def Fitria, SKM (sekarang)